Idris Guessous travaille aux HUG dès 2009 comme chef de clinique et responsable de l’Unité d’épidémiologie populationnelle, il travaille sur les déterminants génétiques et environnementaux de la santé. En octobre 2018, il devient médecin-chef du Service de médecine de premier recours des HUG, directeur de l’Institut de médecine de premier recours, puis co-directeur du Centre de médecine de premier recours qu’il co-crée.
En parallèle de son activité clinique, Idris Guessous conduit et participe à de nombreuses études populationnelles nationales et internationales. Il est le co-fondateur du groupe de recherche GIRAPH (Geographic information for research and analysis in public health), qui intègre l’analyse spatiale dans le domaine de la médecine et de la santé populationnelle. Il est à l’origine de nombreux projets hospitalo-universitaires dont Pro-HUG, @choum, SeroCov, SPECCHIO, RAFAEL., confIAnce et SOFIA.
Il est l’investigateur principal de l’essai clinique européen multicentrique GNC-501, qui vise à évaluer l’efficacité des traitements chez les personnes touchées par le post-Covid. Il est le président de la Fondation Santé & Bonheur. Professeur assistant en 2017, il est nommé professeur ordinaire au Département de santé et médecine communautaires en 2024. Depuis juillet 2023, il est vice-doyen de la Faculté de médecine de l'UNIGE en charge de la formation post-graduée et continue, et de l’identité professionnelle.